Pendidikan dasar ilmu Islam beliau dapatkan dari ayahandanya sendiri, Almarhum Syeikh Ali Syahrbabeki dan Almarhum Syeikh Syams Zanjani. Sebagian dari pelajaran tingkat suthuh, seperti kitab Rasail dan Makasib beliau pelajari di bawah bimbingan ayahandanya. Sedangkan kitab Kifayatul Ushul ia pelajari dari Ayatullah Al-Uzhma Mirza Hasyim Amuli dan Ayatullah Syeikh Abdul Husein Rasyti.
Pada tahun 1360 H., saat berusia 16 tahun, beliau mulai masuk ke pendidikan dasar Bahtsul Kharij dengan mengikuti pelajaran yang diberikan oleh ayahandanya sendiri, Ayatullah Al-Uzhma Sayid Mahmud Syahrudi.
Mulai tahun 1383 H. hingga hari ini, Ayatullah Sayyid Muhammad Husaini Syahrudi mengajar Bahtsul Kharij di Hauzah Ilmiah Qom. ota Qom yang kini sibuk mengajar di jenjang Bahtsul Kharij ilmu fiqih di Hauzah Ilmiah Qom
