Ia lahir di Madinah. Mengenai kapan kelahirannya terdapat beberapa pendapat, dan yang jelas, ia pernah semasa dengan kakeknya, Imam Husein, dalam tak lebih dari empat dan tak kurang dari tiga tahun lamanya. Hadir di Karbala bersama kafilah al-Husain salamullah alaih. Menjadi seorang saksi mata yang terpecaya peristiwa besar Asyura.
Al-Yaqubi dalam kitabnya, juz 2, hal 320, membawakan sebuah riwayat dari beliau:
قتل جدي الحسين ولي اربع سنين واني لاذكر مقتله وما لنا في ذلك الوقت
“Kakekku al-Husain terbunuh, kala itu usiaku empat tahun. Sungguh aku ingat maqtal beliau dan apa yang menimpa kami di waktu itu.”
Kemudian berada di dalam barisan tawanan yang digiring bersama ayah dan bibinya, Zainab binti Ali bin Abi Thalib, beserta para wanita dari keluarga syuhada.
Muhammad Baqir salamullah alaih- dalam usia balita saat itu, pun mendengarkan perkataan sang ayah, Imam Ali Sajjad, di hadapan si penguasa di Syam: Hai Yazid! Muhammad (yang disebut dalam azan) ini kakekku ataukah kakekmu? Bohong jika kau katakan, dia adalah kakekmu! Tetapi jika katakan, dia adalah kakekku, lantas mengapa kau bunuh itrahnya?
Ia bersama ayahnya selama tigapuluh empat tahun. Pada masa itu adalah puncak kekuasaan bani Umayah. Di sepanjang hidupnya, ia melewati masa Muawiyah, Yazid, Muawiyah bin Yazid, Marwan bin Hakam, Abdulmalik bin Marwan dan Walid bin Abdulmalik.
Di bagian akhir dari masa hidupnya, Imam Baqir as menghadapi pemerintahan Walid bin Abdulmalik, Sulaiman bin Abdulmalik, Umar bin Abdulaziz, Yazid bin Abdulmalik dan Hisyam bin Abdulmalik, hingga beliau syahid atas kekuasaan Hisyam melalui orang suruhannya.

Nash atas Imamahnya
Setelah ayahnya syahid pada 25 Muharam 95 H, kepemimpinan umat berada di tangannya dalam waktu sekitar sembilanbelas tahun lamanya. Kepemimpinan Muhammad al-Baqir –salamullah ‘alaih- bagi umat Nabi saw, telah disampaikan dan ditegaskan oleh sang ayah kepada putranya sendiri dan yang lain:
يا بنيّ إني جعلتك خليفتي من بعدي
“Wahai putraku, sesungguhnya aku mengangkatmu sebagai khalifahku sesudahku.” (Kifayatu al-Atsar 241)
وروي عن أبي خالد أنه قال: قلت لعليّ بن الحسين: من الإمام بعدك ؟ قال: محمّد ابني يبقر العلم بقراً
Diriwayatkan dari Abu Khalid: “Saya bertanya kepada Ali bin Husein (Imam Sajjad), Siapakah imam sesudah Anda?
Beliau menjawab, Muhammad putraku, yang membelah ilmu.. (Bihar al-Anwar 46/320)
Pada detik-detik akhir hidup Imam Sajjad, putra-putranya berkumpul di sisinya, dan beliau menoleh kepada putranya, al-Baqir salamullah alaih- seraya berkata:
يا محمد هذا الصندوق اذهب به إلى بيتك . أمَا أنه لم يكن فيه دينار ولا درهم، ولكن كان مملوءاً علماً.
“Wahai Muhammad, ambil kotak ini dan bawalah ke rumahmu. Di dalamnya tiada dinar maupun dirham, tetapi penuh dengan ilmu.” (al-Kafi 1/305)
Nash yang disampaikan oleh Imam Sajjad, atas imamah putranya ini, Imam Muhammad Baqir dan para imam sesudahnya adalah berasal dari Rasulullah saw. Di antara nash kepemimpinan umat ini, ialah riwayat dari Jabir bin Abdillah Anshari:
فقال: يا رسول الله وَمَنْ الأئمة من ولد علي بن أبي طالب؟
قال: الحسن والحسين سيدا شباب أهل الجنة، ثم سيد العابدين في زمانه عليّ بن الحسين، ثم الباقر محمد بن عليّ وستدركه يا جابر، فإذا أدركته فاقرأه منّي السلام
Ia bertanya, “Wahai Rasulullah, siapakah para imam dari putra-putra Ali bin Abi Thalib?”
Beliau menjawab, Al-Hasan dan al-Husain dua pemuka para pemuda penghuni surga. Kemudian pemuka para ahli ibadah di zamannya, Ali bin al-Husain. Kemudian al-Baqir Muhammad bin Ali, dan engkau akan melihat dia, wahai Jabir! Bila engkau melihat dia nanti, maka sampaikanlah salam kepadanya dariku. (Kifayatu al-Atsar 144-145).
Hadis-hadis yang serupa terdapat di dalam kitab Mukhtashar tarikh Dimasyq 23/78; Tarikh al-Yaqubi 2/320; Siyar Alam an-Nubala` 4/404; dan Ilam al-Wara bi Alam al-Huda 207, Kifayatu al-Atsar 237.

Makna Al-Baqir
Selama hidup beliau hanya tinggal di Madinah. Tak pernah berpindah ke kota lainnya. Di kota Nabi saw ini, Imam menjadi pengajar ilmu nomor satu yang memiliki gerakan keilmuan. Terbentuk olehnya sebuah madrasah yang di dalamnya Imam membuka kajian ilmu di hadapan murid-muridnya. Sejumlah ulama besar lahir dari madrasahnya, dan mereka menjadi penyebar ilmu dan marifat di timur dan barat serta menjadi rujukan bagi umat Islam.
Muhammad bin Munkadir mengungkapkan: Tak pernah saya melihat seorangpun yang utama di atas Ali bin Husein, sampai aku melihat putranya, Muhammad. Suatu hari (ketika) saya ingin menasihatinya, beliau menasihati saya. (Tahdzib at-Tahdzib, juz 9, hal 352).
Beliau dikenal dengan gelar al-Baqir (Sang Pembelah ilmu). Jabir bin Yazid al-Jufi menafsirkannya: Karena beliau membelah ilmu (sebagaimana penafsiran al-Yaqubi dalam Ilal asy-Syarayi, juz 1, hal 233), memecah dan menjelaskannya secara gamblang.
Muhammad bin Mukarram juga mengungkapkan makna al-Baqir: At-tabaqqur artinya meluas dalam ilmu dan harta. Muhammad bin Ali bin Husein bin Ali, dipanggil al-Baqir semoga Allah meridhai mereka- karena beliau membelah ilmu, mengetahui akarnya dan mengeluarkan cabangnya. (Lisan al-Arab, bagian akhir kata bâqir).

Referensi:

1-A’lam al-Hidayah

2-Hayat al-Fikr wa as-Siyasah li A’immati Ahlilbait.